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eTaxで申告を済ませて、完了画面からダウンロードししたファイル（○○○.xtx）を開こうとしたら、アイコンがWordの絵になってしまい、eTaxがおかしくなってしまったのだそうです。

ファイルの関連付けがおかしくなってしまったのですね。
このファイルは直接開くものではありません。eTaxサイトにちゃんと書いてあります。

（注3）確定申告書等作成コーナーで作成し、直接送信したデータ(拡張子は.xtx)は、「確定申告書等作成コーナー」から表示・印刷することができます。

でも、ググってみると同じトラブルで困っている人がやっぱりいます。
関連付けを正しく訂正するのは簡単ですが、関連付けは無いのが正しくて、何かに変更ではありません。
さらにググると一番的確な方法が見つかりました。本家が無くなると困るので覚書です。

↓こちらにお世話になりました。感謝！
ファイルの関連付けを完全に解除する方法

デスクトップ上で右クリックして、[新規作成]でテキストファイルを作成し、適当にファイル名を「○○○.txt」とつける。
ファイル名を「〇〇○.bat」に変更。
アイコンのおかしくなったファイルを右クリック→[プログラムから開く]で、その他から作った「○○○.bat」を選択。
「このアプリはお使いのPCでは実行できません」と出たら[閉じる]をクリック。
「○○○.bat」を削除。
コマンドプロンプトを管理者権限で開く。
　assoc .xtx=
             ↑スペース入れてEnter

本家はもっと親切に解説されています。